如果及早治療，淋病不太可能導致任何並發症或長期問題。但是，如果不進行治療，它可能會擴散到身體的其他部位並引起嚴重的問題。
淋病的次數越多，發生並發症的可能性就越大。
在女性中，淋病可擴散到生殖器官並引起 盆腔炎（PID）。據估計，這種情況發生在未經治療的淋病的10％至20％的病例中。PID可導致長期盆腔疼痛， 異位妊娠和不育。
懷孕期間，淋病可導致：
- 流產
- 早產
- 嬰兒患有結膜炎
如果不及時對嬰兒進行 抗生素治療，則存在進行性和永久性視力損害的風險。
在男性中，淋病可引起睾丸和前列腺的痛苦感染，這在少數情況下可能導致生育力下降。
在極少數情況下，如果不治療淋病，它會在血流中擴散，並在身體其他部位引起致命的感染（敗血症）。